'''Genes huérfanos''' son los [[genes]] sin [[homólogos]] en los genomas de otros organismos. En otras palabras, sin detectable similitud de secuencias en los genomas de otros organismos.<ref name="Khalturin">{{cita publicación|autor=Khalturin, K; Hemmrich, G.; Fraune, S.; Augustin, R.; Bosch, TC|ano=2009|título=More than just orphans: are taxonomically-restricted genes important in evolution?|url=|publicación=Trends in Genetics|volume=25|número=9|página=404–413}}</ref> Se definen como los genes que carecen de similitud detectable a los genes en otras especies y, por tanto, hay claros indicios de ascendencia común que se puede inferir, formando una parte enigmática del genoma porque su origen y función son en su mayoría desconocidos.<ref name="Wissler">{{cita publicación|autor=Wissler, L.; Gadau, J.; Simola, D. F.; Helmkampf, M.; Bornberg-Bauer, E.| año = 2013 | título = Mechanisms and Dynamics of Orphan Gene Emergence in Insect Genomes|url =|publicación = Genome Biology and Evolution |volume = 5|número = 2|página = 439–455}}</ref>Algunos autores utilizan el término '''genes taxonómicamente restringidos (TRGs)''' como una definición más cuidadosa dada la estrecha distribución filogenética de estos genes.<ref name="Khalturin" /> También se les llama en Inglés '''ORFan genes''' (del Inglés "Open Reading Frames of unknown origin").<ref name=meyer>{{cita libro|autor=Meyer, Stephen E|título=[[Darwin's Doubt]]: The Explosive Origin of Animal Life and the Case for Intelligent Design|editorial=Harper One|ubicación=Seattle, WA|año=2013|página=215-216|isbn=978-0-06-207147-7}}</ref> El porcentaje del número estimado de huérfanos genes varían considerablemente entre las especies, pero el 10-30% de todos los genes en un genoma es un número comúnmente citado.<ref name="Wissler" />
==OrigensOrigenes==
Os [[evolucionistas]] afirmam que os genes órfãos evoluíram a partir de DNA não-codificante através de processos de mutação aleatória, uma vez que não têm melhor explicação naturalista para fornecer.<ref name=Tomkins>{{citar livro|autor=Tomkins, Jeffrey|editor=|título=More Than a Monkey: The Human-Chimp DNA Similarity Myth|publisher=CreateSpace Independent Publishing Platform|local=|ano=2012|página=31-36|isbn=978-147525325-2}}</ref> No entanto, eles parecem não ter sequências ancestrais mas ao invés surgem de repente formados totalmente funcionais.<ref name="Tautz">{{citar periódico|Tautz, D.; Domazet-Lošo, T.| ano = 2011 | título = The evolutionary origin of orphan genes | url = | jornal = Nature Reviews Genetics|volume = 12|número=|página=692–702| pmid=21878963}}</ref><ref name=Tomkins /> Conforme Carvunis e colaboradores, genes codificadores de proteínas podem surgir quer através de re-organização de genes pré-existentes ou ''de novo''.<ref>{{citar periódico|Carvunis, Anne-Ruxandra; Rolland, Thomas; Wapinski, Ilan; Calderwood, Michael A.; Yildirim, Muhammed A.; Simonis, Nicolas; Charloteaux, Benoit; Hidalgo, César A.; Barbette, Justin; Santhanam, Balaji; Brar, Gloria A.; Weissman, Jonathan S.; Regev, Aviv; Thierry-Mieg, Nicolas; Cusick, Michael E.; Vidal, Marc|título=Proto-genes and de novo gene birth|jornal=Nature|data=24 de junho de 2012|volume=487|número=7407|página=370–374}}</ref> Carvunis reconhece que o surgimento de genes ''de novo'' permanece pouco conhecido. [[Jeffrey Tomkins]], por outro lado, afirma que os eventos mutacionais aleatórios são incapazes de produzir o complexo de informações codificadas em genes.<ref name=Tomkins /> Tomkins expõe que a utilização da assim chamada síntese ''de novo'' cai em uma forma circular de raciocínio ilógico como segue: