==Origenes==
Los [[evolucionistas]] dicen que los genes huérfanos evolucionaron a partir de ADN no codificante través de los procesos de mutación al azar ya que no tienen una mejor explicación naturalista para proporcionar.<ref name=Tomkins>{{cita libro|autor=Tomkins, Jeffrey|editor=|título=More Than a Monkey: The Human-Chimp DNA Similarity Myth|editorial=CreateSpace Independent Publishing Platform|ubicación=|año=2012|página=31-36|isbn=978-147525325-2}}</ref> Sin embargo, parecen no tener secuencias ancestrales, sino que han surgido de repente, completamente funcionales.<ref name="Tautz">{{citar periódicocita publicación|Tautz, D.; Domazet-Lošo, T.| ano año = 2011 | título = The evolutionary origin of orphan genes | url = | jornal publicación = Nature Reviews Genetics|volume = 12|número=|página=692–702| pmid=21878963}}</ref><ref name=Tomkins /> Según Carvunis et al., genes codificantes de proteínas pueden surgir ya sea a través de la reorganización de los genes preexistentes o ''de novo''.<ref>{{cita publicación|Carvunis, Anne-Ruxandra; Rolland, Thomas; Wapinski, Ilan; Calderwood, Michael A.; Yildirim, Muhammed A.; Simonis, Nicolas; Charloteaux, Benoit; Hidalgo, César A.; Barbette, Justin; Santhanam, Balaji; Brar, Gloria A.; Weissman, Jonathan S.; Regev, Aviv; Thierry-Mieg, Nicolas; Cusick, Michael E.; Vidal, Marc|título=Proto-genes and de novo gene birth|publicación=Nature|fecha=24 de junio 2012|volume=487|número=7407|página=370–374}}</ref> Carvunis reconoce que la aparición de genes ''de novo'' sigue siendo poco conocida. [[Jeffrey Tomkins]], por otra parte, afirma que eventos mutacionales al azar son incapaces de producir la compleja información codificada en los genes.<ref name=Tomkins /> Tomkins expone que el uso de la denominada síntesis de novo cae en una forma circular del razonamiento lógico como sigue:
{{cquote|La síntesis de genes de novo debe ser verdad porque existen genes huérfanos, y existen genes huérfanos debido a la síntesis de genes de novo.<ref name=Tomkins />}}