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'''Electroforesis en gel''' es una técnica para la separación de moléculas (tales como proteínas, ADN o fragmentos de ARN) de acuerdo con el tamaño y consiste en la migración de las partículas en un gel determinado durante la aplicación de una diferencia de potencial. Las moléculas de ADN lineales se separan según el tamaño, cuando son sometidas a un campo eléctrico a través de una matriz de gel.<ref name=Watson>{{cita libro|autor=Watson, James D.; Baker, Tania A.; Bell, Stephen P.; Gann, Alexander; Levine, Michael; Losick, Richard|título=Molecular Biology of the Gene|edición=5ª|editorial=Pearson, Benjamin Cummings|ubicación=San Francisco, CA|año=2004|página=648|isbn=0-8053-4635-X}}</ref> Esta técnica permite a los biólogos medir el tamaño de los fragmentos de ADN sin secuenciación ya que, como la velocidad de migración es una función de la longitud del fragmento, la medición de las distancias de migración nos permite estimar los tamaños.<ref>{{cita libro|autor=Pevzner, Pavel A.|título=Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach|ubicación=Cambridge, Massachusetts|editorial=The MIT Press|año=2000|página=273|isbn=0-262-16197-4}}</ref> Los sistemas de secuenciación en gel hacen uso de fuentes de alto voltaje (1500-3000V).<ref name=luke>{{cita libro|autor=Alphey, Luke|título=DNA Sequencing: From Experimental Methods to Bioinformatics|año=1997|ubicación=New York|editorial=Springer/Bios Scientific Publishers|página=53-62|isbn=0-387-91509-5}}</ref> Después de la electroforesis fue terminada, las moléculas de ADN pueden ser visualizadas por tinción del gel con colorantes fluorescentes tales como bromuro de etidio.<ref name=Watson />La primera vez que se aplicó la electroforesis en gel en la genética de poblaciones fue en 1966 por Lewontin y Hubby.<ref>{{cita libro|autor=Lester, Lane P.; Bohlin Raymond G.|título=The Natural Limits to Biological Change|editorial=Probe Books|año=1989|edición=2ª|ubicación=Dallas, Texas|página=61|isbn=0-945241-06-2}}</ref>